В 1762 году, после двух лет переписки, составления планов и смет, по прошению архимандрита отца Николая наконец отремонтирован и достроен некогда один из самых привилегированных, а теперь сильно запущенный и обветшавший Знаменский монастырь. Вслед за ним отремонтированы и здания Сыскного приказа на Москворецкой набережной.

Спустя несколько десятилетий после кончины Петра I московские обыватели и коммерсанты все-таки усваивают и начинают соблюдать градостроительные правила, заложенные великим реформатором. В 1755 году от коммерческого самостроя было расчищено пространство вокруг собора Василия Блаженного, все незаконно возведенные лавки и лабазы в начале Варварки снесены. В 1763 году богатый московский купец-компанейщик Иван Медовщиков вынужден был возвести на углу Варварки и Москворецкой улицы вместо своих лавок монументальное каменное здание для торговли, по всем правилам согласовав его с городским архитектурным бюро при Полицмейстерской канцелярии. Здание построено в модном в правление Елизаветы Петровны стиле рококо.

После восшествия на престол в 1762 году Екатерина II учредила Комиссию о каменном строении Санкт-Петербурга и Москвы. Императрица понимала, что с благоустройством сильно запущенной Москвы надо было что-то делать, но в первое время ей было не до градостроительных проектов в бывшей столице, и комиссия поначалу не предпринимала активных действий.

Административные распоряжения новой императрицы, последовавшие за эпидемией и бунтом, отразились на повседневной жизни Зарядья. Например, был принят запрет на погребение умерших при кладбищах в городских храмах, все кладбища вынесены за тогдашнюю границу города — Камер-Коллежский вал. Это нововведение изменило экономический уклад церквей в Зарядье, имевших при себе небольшие кладбища для прихожан.

К середине XVIII века официальная церковь в России все еще оставалась крупнейшим феодалом — монастыри владели множеством коммерческой недвижимости в городах, селами с крестьянами, сельскохозяйственными угодьями. В собственности церквей в Зарядье были большие подворья, которые использовались как постоялые дворы и приносили доход церкви. В 1764 году в результате Секуляризационной реформы Екатерины II немалая часть недвижимого церковного имущества перешла в казну, под опеку Коллегии экономии, откуда распродавалась в частные руки. Так, например, палаты Старого английского двора, принадлежавшие с 1676 года Нижегородской епархии, благодаря реформе сначала оказались во владении московского купца Афанасия Солодовникова, а с 1790 года стали владением купцов Павлова и Калинина, которые перестроили их под свои нужды. То же произошло со многими другими подворьями в Китай-городе и Зарядье.

Отныне во всем Китай-городе разрешалось возводить только капитальные каменные здания в соответствии с образцовыми проектами, утвержденными комиссией. Еще в 1769 году императрица конфирмировала разрешение купцам и торговцам иметь лавки не только в торговых рядах и на площадях (то есть в специально отведенных для этого местах), но и в жилых домах, выходящих на улицы. После этого Первопрестольная начала застраиваться «образцовыми» двух- и трехэтажными зданиями многофункционального назначения — с помещениями под лавки и мелкие мастерские на первом этаже, с жильем на верхних этажах. Москва медленно, но верно превращалась в современный европейский город.

Кроме всего прочего, в рамках Прожектированного плана был сделан шаг, для многих современников незаметный на фоне больших реформ, но очень важный для жителей Зарядья. В 1782 году, чтобы уменьшить логистическую изоляцию Китай-города от остальных частей города, через Китайгородскую стену были устроены проломные ворота из Псковского переулка Зарядья на Москворецкую набережную. Впервые за много лет жители Зарядья вновь получают относительно удобный проход на Москворецкий берег реки. Уже после смерти Екатерины, в 1795–1798 годах, берег вдоль Кремля, Зарядья и Воспитательного дома был впервые за свою историю «одет камнем» — под руководством военного инженера Ивана Герарда построены каменные Кремлевская и Москворецкая набережные.